普特斯曼经过权衡，决定帮助郑芝龙抢回厦门，以期得到自由贸易。

崇祯三年二月，普特曼斯、郑芝龙与另一个海盗头子钟斌，兵分三路，进逼厦门湾。

李魁奇见势不妙，试图逃往海上，但被居于上风的荷兰军舰挡住出路，只得率三艘小船，走内港试图逃脱，却被钟斌生擒，押入厦门处死。

郑芝龙与普特曼斯私下达成协议，承诺将为荷兰人向熊文灿争取自由贸易，并使荷兰船得以留在厦门湾内交易。

一时，巴达维亚当局对厦门湾寄予厚望，甚至考虑放弃大员，改往厦门湾内交易。

但朝野上下几乎没有具备国际视野的人，文武官员一致认为，外国人前来沿海贸易，是海盗横行的原因，福建当局因此严禁荷兰船来厦门交易。

普特曼斯对这种结果相当不满，向巴达维亚总督强调:"我方虽尽力消灭海贼，为中国建立功劳，但事实不被承认，完全之贸易非籍武力不可得。"

但此时明荷贸易在福建巡抚熊文灿的默许下，还可以在厦门湾沿岸的海面上，通过接驳船来偷偷进行，所以普特曼斯还有所保留，担心发动武力攻击后买不到货物，仍然期待郑芝龙帮他们争取到自由贸易。

朱由检是倾向于与荷兰人谈判的，之所以亲自到福建来，就是为了摆脱朝中大臣的掣肘。

大航海时代早已开启，闭关锁国拒绝贸易是行不通的。

十七至十九世纪，荷兰人的东方商业殖民帝国立足于爪哇岛，以巴达维亚为中心。鼎盛时期，荷兰东印度公司广阔的商业和贸易垄断权，向西远至波斯、印度、锡兰，向东延伸到马鲁古香料群岛，向北抵达中国和日本。

这本应是明朝的势力范围，却被万里而来的弹丸小国荷兰下所占有。

万历四十六年，荷兰东印度公司第三任总督彼德尔斯逊/昆，袭击和驱赶了万丹军队后，在今天印尼首都雅加达所在地，建立了东印度公司总部:巴达维亚城，统治爪哇以至整个东印度群岛殖民地。

荷兰东印度公司贩运中国生丝前往欧洲，毛利高达370/%，它出入巴城海关时，又能增加其海关税收。

因此，巴达维亚总督昆不惜派船舰封锁西班牙人所占的马尼拉，葡萄牙人所占的澳门，以及澎湖列岛的一些港口，又威逼利诱明朝商船前往巴达维亚贸易。

面对郑芝龙提出的与荷兰人和谈的提议，朱由检报以长久的沉默。