在这段克服动乱的过程中，产生了280余名功臣，赏赐了结田地和2635口奴婢。这导致了功臣势力尤其是武人势力的膨胀，王权则有所削弱；而地方上农庄盛行，国家控制力下降，这与恭愍王即位初年以来实行的改革初衷显然背道而驰。此时，恭愍王已经厌倦了出身世家大族的大臣，认为他们盘根错节，互相包庇，不可能支持他的改革；而“草野新进”和儒生则乳臭未干，且喜欢结交权贵，也不可用。在此情况下，贱民出身的僧侣辛旽因“离世独立之人”的身份而被恭愍王所相中。辛旽面对恭愍王要他掌握国政、重启改革的邀请，假装拒绝，最后恭愍王同他约定：“师救我，我救师，死生以之，无惑人言，佛天证明。”
至正二十五年（1365年）五月，恭愍王正式拜遍照（即辛旽）为师，不久后就采纳辛旽建议，贬谪武人势力的代表崔莹为鸡林尹，到九月已将25名功臣流放、罢官、褫爵。恭愍王命柳濯、李仁任掌管都堂政务，金兰、任君辅、睦仁吉掌管宫中事务，实际上代表宫中势力的“内宰”逐渐凌驾于都堂（都评议使司）之上，显示出此时王权的伸张。同年十二月，遍照还俗，取名辛旽，被恭愍王封为守正履顺论道燮理保世功臣、壁上三韩三重大匡、领都佥议使司事、判重房监察司事、鹫城府院君、提调僧录司事兼判书云观事，统摄僧俗，位极人臣，正式走上政治前台。
辛旽掌权六年之久。这期间他可谓一手遮天，包揽高丽内外大权；同时大举起用同党，排斥异己，被他所杀者的家属都不敢控诉。恭愍王赋予了辛旽同自己一样的权力和仪仗，时人称为“国有两君”，就连元朝都知道辛旽“权王”的名声。辛旽掌权后，重新恢复了恭愍王初年的田民辨正事业，自任田民推整都监的判事，令出必行，权门势族迫于威势，纷纷归还非法侵占的田地和奴婢，百姓欢呼雀跃，尤其是那些被解放的奴婢，更是高呼“圣人出矣！”此外，他执政时期还整饬官制、兴建学校、完善科举，其改革可谓有声有色。
然而，辛旽专权引起了众多大臣的不满。至正二十六年（1366年）四月，左司议大夫郑枢和右正言李存吾冒死上疏，弹劾辛旽跋扈。恭愍王读到一半就勃然大怒，焚其上疏，将这两名谏官下狱审问，后在李穑的劝阻下免去一死，贬谪外地。随着恭愍王支持下的辛旽改革的深化，得罪的权贵越来越多。至正二十七年（1367年）十月，吴仁泽、庆千兴、睦仁吉、安遇庆、金元命、韩晖等功臣密谋除掉辛旽，有人向辛旽告发此事，辛旽去恭愍王面前哭诉，恭愍王下令将所有参与者流放。翌年十月，前密直副使金精等人图谋杀死辛旽，事泄后恭愍王将他们全部流放，辛旽则派人将流放者缢杀。
至正二十九年（1369年）五月，明德太后洪氏劝恭愍王不要再用辛旽，恭愍王不听。此时，恭愍王和辛旽开始起用科举及第、熟悉儒学的新进士人，如林朴、郑梦周、郑道传、尹绍宗、李崇仁等，这些新进士人多数成为了埋葬高丽王朝的主要力量。
五、遇弑身亡
至正二十九年（1369年）以后，高丽的国内外局势再次发生变化。当时，明朝大军已经攻入元大都，元顺帝仓皇北逃。至正二十九年（1369年）五月，明朝遣使来高丽，恭愍王即表归附，再次停用至正年号。随后，恭愍王开始策划用兵鸭绿江以北，两次征伐东宁府。在国内，他与辛旽的关系也发生了微妙变化。自从鲁国公主死后，恭愍王就停止上朝听政，将国政交给辛旽，但随着辛旽权势愈发膨胀，恭愍王也不再对他言听计从了。至正二十九年（1369年），辛旽请求恭愍王封自己为“五道都事审官”，被恭愍王拒绝。庚戌年（1370年）七月，全罗道体覆使崔苏龙还京时先拜谒辛旽，再拜谒恭愍王，恭愍王命人杖责他。同年冬，恭愍王采纳正言李詹的建议，命六部台省官亲奏事，并让史官近侍，前往报平厅听政视事。这些变化让辛旽感到不安，他开始密谋推翻恭愍王。
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洪武四年（1371年）三月，恭愍王拜谒宪、景二陵时，辛旽埋伏的刺客未能及时行刺，被辛旽骂为“怯懦无用者”。此后，辛旽及其同党日夜策划举事。到同年七月，辛旽门下一个官员李韧得知逆谋后，匿名投书宰相金续命，金续命将此事上报恭愍王。恭愍王下令逮捕辛旽同党奇显、崔思远等人，他们都供认了罪状。辛旽则被骗至正陵（鲁国公主陵）软禁两天，随后流放水原。恭愍王接受都评议司的建议，决定将辛旽处以极刑，派林朴、金?前往水原斩了辛旽。恭愍王还专门数落辛旽的罪状，表示是辛旽先违反与他订的盟誓。辛旽死后，首级被高悬在京城东门，其家属同党数十人被处死和流放。
辛旽伏诛后，恭愍王召还被流放、禁锢的庆千兴、崔莹等功臣，并禁止内宰枢干政，恢复了“都堂”（都评议使司）的权力。这使他的改革再次退步，王权也重新弱化，特别是对明关系的紧张和倭寇问题，更使武将势力大为提升。为了抑制武将的势力，恭愍王在洪武五年（1372年）十月设立“子弟卫”，选拔名门贵族中的年少貌美者入侍，其权势甚至比肩辛旽。子弟卫成员也仗着恭愍王的宠信，淫乱后宫。
洪武七年（1374年）九月的一天，一名叫崔万生的宦官在服侍恭愍王上厕所时透露了益妃怀上洪伦（子弟卫成员，洪彦博之孙）孩子的秘密。恭愍王密令杀洪伦以灭口，并暗示崔万生也难逃一死。崔万生非常恐惧，伙同洪伦、韩安、权瑨、洪宽、卢瑄等在次日凌晨进入寝殿，趁恭愍王大醉时将他乱剑砍死，脑浆溅到壁上。不久后，崔万生的衣服被发现有血迹，遂东窗事发，所有参与者均被处死。
恭愍王死后，葬于正陵旁边的玄陵。儿子江宁府院大君王禑（相传为辛旽之子）继位。此后，明丽关系恶化，直到洪武十八年（1385年），明太祖才赐予了“恭愍”的谥号，高丽加谥为“恭愍仁文义武勇智明烈敬孝大王”。