他接手的元朝，是一个貌似强大富有实则弊端丛生的老大帝国。

短短几十年时间，元朝冗员冗费现象已非常严重，执政效率却越来越下降。朝野上下贪污腐败成风，滥发纸币导致物价飞涨，进而影响到国家财政收入。

为巩固元朝统治，元武宗不能在坐以守成，而必须锐意改革。但他的改革显然与初衷背道而驰。

元武宗长年统兵漠北，深知赏赐的激励作用，他在任期间，使元朝的封赏力度前所未有。

他登基之初，对拥立功臣大加赏赐，结果耗尽两京国库，仍有半数勋贵没有得到赏赐。幸好元武宗有办法：没有钱打赏了，就封官拜爵。

按照忽必烈定下的规矩，非黄金家族嫡系子孙不得加封一字王。元武宗却一口气封了近二十个一字王，其中大半并非黄金家族嫡系成员。

在他的大肆封赏下，中书省、枢密院和御史台等重要机构的编制数量激增。据说元武宗一朝，光是佩相印者就数以百计。

上百个宰相在朝，不仅大事难决，而且容易泄密。许多事情还在讨论阶段，就已传到满城风雨，人尽皆知。

这些奇葩的改革措施招来汉人儒臣的批评。监察御史张养浩上书列举十大弊政：一曰赏赐太侈、二曰刑禁太疏、三曰名爵太轻、四曰台纲太弱、五曰土木太盛、六曰号令太浮、七曰幸门太多、八曰风俗太靡、九曰异端太横、十曰取相之术太宽。字字切中肯綮。

元武宗最大的改革举措是重设尚书省。

他在中书省之外另立尚书省，作为实际上的中枢机构以推行改革。但因为中书省和尚书省职责划分不明确，致使中书省成为闲置机构，中书官员被迫尸位素餐。 长离伴月行

就在尚书省启动一系列改革措施，准备大有作为时，元武宗崩了。皇太弟孛儿只斤·爱育黎拔力八达（1285年4月-1320年3月）即位，是为元仁宗。

元仁宗全盘推翻了元武宗的改革，废除尚书省并处死尚书省一任重要官员。从此以后，中国历史上再也没有设立过尚书省。

元武宗并非没有儿子，为何要传位于弟弟呢？

当年他拥立元武宗登基为帝时，两兄弟已约好兄终弟及，叔侄相传。元武宗履行了承诺，元仁宗却违背了盟约，最终将自己的儿子立为皇太子。

元仁宗的皇帝工作比元武宗干得更加出色。他推行以儒治国的政策，起用汉臣，裁撤冗员，整顿吏治，一改武宗朝的衰败之势。