明军对全州志在必得，但何腾蛟厚此薄彼，安排焦琏等“旁系”野战，拦阻清军永州方向的援军，安排滇师、楚师等“嫡系”攻城。

诸军心不齐，进攻全州并不顺遂。直到五月十五日，何腾蛟始督率诸军，合攻全州。十九日，何腾蛟力主使用排栅法攻城。

排栅攻城是一种古老的攻城战术，应用极广。攻城一方可在城池外围设立排栅，以避矢石，以防守军逃窜，以截断守军与援军的联系。再集中兵力，从不设排栅的地方进攻城池。

明军在全州西、北两个方向设立排栅，专攻东、南两门。守排栅者为楚师，也是何腾蛟最嫡系的部队，却如同儿戏。清军破栅而出，各军惊骇，差点溃败。

何腾蛟亲自督阵，焦琏断清军退路，胡一青与清军力战，才稳住局势。

五月二十四日，永州清军大举来犯，试图增援全州守军。守军亦派出钯手，试图与援军取得联系。焦琏用丹初之计，用连枷棒大败清军钯手。

清广西巡抚李懋祖束手无策，把兵马全部收缩进全州城内。

二十六日，何腾蛟督率滇师、楚师，在宜章伯卢鼎、保昌侯曹志建的增援下，经“八战五攻”，终于攻破全州，生擒李懋祖，总兵尤世忠率十三个骑兵侥幸逃往永州。

何腾蛟下令斩杀李懋祖，将其首级传送桂林、南宁。

尤世忠退守永州，派人威胁何腾蛟不得进攻永州，否则将“辱妻戮子、挖掘亲尸”。

原来，何腾蛟是贵州五开卫人，出身军户。五开卫与黎平同城，故世人也认为他是黎平人。

南明安国公刘承胤，绰号“刘铁棍”，与何腾蛟是儿女亲家。刘承胤投降满清后，清廷对他颇为猜忌，逼迫刘承胤袭取黎平，擒何腾蛟家属以便要挟。

何腾蛟作书回应：“为天下者不顾其家，为名节者不顾其身，且腾蛟负性硁拙，各奉其事，各为其主，各存其体耳”、“欲挟吾顺不能也。”

攻下全州后，何腾蛟踌躇满志，积极排兵布阵，准备进攻永州。

不久，明军内部生变。

这天，丹初正在营中与方以智议事，商量筹粮之策。从永安至全州，辗转七八百里，粮草转运非常困难。出征之前，丹初预想的是，此战最多持续两个月。没想到，至今已经足足三个多月。

一将无能，累死千军。何腾蛟驭下无能，遇事犹豫，组织反攻不力。诸军不和，反攻全州、永州进展缓慢。