郑芝龙出生在福建泉州南安府石井镇，父亲做过泉州库吏，其母亲家族则有经商的背景。

十七八岁时前往澳门投奔了舅父黄程，跟随舅父学习经商。

在澳门这个中西合璧的地方，郑芝龙不仅学习了经商技巧，而且还学会了葡萄牙语，加入了基督教。

这对日后他与西方人打交道起到了重要作用。

当时的澳门，是东亚贸易的集散地。

郑芝龙的舅父黄程便是一个经营中日贸易的大商人。

后来，郑芝龙押运其舅父的一笔货物，搭乘旅日大商人李旦的船只前往日本，由于熟知葡萄牙语，天启四年被李旦派往荷兰人那里从事翻译，获得了李旦的赏识。

天启五年，李旦死了，郑芝龙继承了李旦财产和地盘，一跃成为东南沿海的头号大海盗。

郑芝龙野心勃勃，不再愿意仅仅做一个依附于荷兰人，他要直接控制中日贸易。

这就需要获得大陆的贸易基地。

郑芝龙提出招安，被拒绝后，向沿海地区发动了猛烈的进攻。

天启五年，郑芝龙向厦门发动进攻，大败官军，一度占领厦门。

天启六年，郑芝龙再次进攻漳浦，官军根本无力抗衡。

明军作战之后，郑芝龙往往胜而不追，俘获明军将领后不仅不杀，反而变成朋友。

明军打又打不过，只得招安。

朝廷坚决要求解除郑芝龙武装，郑芝龙坚决不同意，双方无法妥协，谈判最终破裂。

郑芝龙初崛起时，只有数十条船，天启六年有了一百二十条船，天启七年猛增到七百条船。

明朝以允许贸易为诱饵，让荷兰出兵，帮助剿灭郑芝龙。

战役的结果是荷兰舰队遭到了郑芝龙的沉重打击。

郑芝龙对荷兰船展开报复，只要荷兰船一露面，就会被捕获。

在这样的情况下，福建地方政府与郑芝龙讨价还价的筹码完全丧失，只好接受郑芝龙的请求，允许郑芝龙投降，并且依赖郑芝龙的力量，剿灭海盗，确保东南沿海地区安全。

不久，郑芝龙与明朝水师联合，歼灭了活跃在广东和福建的李魁奇、钟斌、刘香等海盗集团。