“第一次信长包围网”成形后，织田信长与京都公家的关系日渐暧昧，织田信长之后与净土真宗的石山本愿寺兵戎相见。

支持耶稣会传教便意味着打击佛教势力、同时也能处理好与西南吉利支丹大名的关系、保障与南蛮的贸易。

根据松田毅考证，1569—1582这14年间，信长在京都会见耶稣会士15次。

在安土城12次。加上其他总计31次，两者的同盟关系可谓贯穿始终。

可惜，信长之野望，在嫡系铁杆叛变后，戛然而止。天正10年，

“本能寺之变”爆发，织田信长的重要部下明智光秀，在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主君信长。

本能寺之变中织田信长死难，导致信长

“天下布武”之路戛然而止。天主教失去了实力最强的支持者。这一次政变，改变了日本的历史进程，亦改变了基督教在日本的命运。

如果织田信长成功，他将建立织田幕府。那么天主教将成为日本的重要宗教。

可惜，耶稣会一百多年的发展和苦心谋划，最终随着织田信长的死去，而化为泡影。

而丰臣秀吉在战国时代，对耶稣会也是极尽拉拢之能。毕竟，谁都知道，只有不择手段的壮大自己，才是乱世的生存之道。

但等到丰臣秀吉统一了东瀛之后，他从支持者，几乎在一夜之间变成了迫害者。

天正14年6月19日，秀吉颁《伴天连追放令》，宣布驱逐传教士。

但是，他顾忌影响海外贸易，实际上法令并没有彻底落实。英国学者贝利指出，《令》颁布后，10余名传教士依然滞留在长崎并担任葡萄牙商船长崎贸易的向导，130余名耶稣会士仍在九州布教，教徒数量仍在迅勐增加，而以西班牙方济各修道会为代表的其他势力也开始进入日本。

但是，秀吉的动机，深深的影响了德川家康。德川家康统一日本后，对秀吉宗教和贸易分离的政策，深以为然。

他禁止天主教，为的是防止关西信教诸侯，勾结海外势力作乱，也为了限制他们通过外贸壮大自己的实力。

从这时候开始，幕府对教徒的迫害逐步开始加剧。庆长2年，秀吉下令把日本信徒及方济各会修道士总计26人在长崎钉死在十字架上，次年，丰臣秀吉病死在伏见城。