福建总督姚启圣见收复台湾的时机已到，向康熙帝推荐了水师提督施琅。

施琅（1621年-1696年）是福建本地人，熟悉当地的海洋风候和潮汐，而且精通阵法，善于水战。在以骑兵取胜的清军中，他是非常难得的海上战将。

更重要的，他与郑氏家族有仇。

施琅本是郑芝龙的部将，顺治年间曾随郑芝龙降清，后来受郑成功的招揽加入抗清队伍。谁知两人个性不合，渐渐心生芥蒂。不久，施琅因擅杀部将，被郑成功认为有心谋反，于是将他的父亲和弟弟处斩。

施琅则逃到大陆，死心塌地投靠清朝，即使不被重用，穷到要依靠妻子当裁缝贴补家用也无怨无悔，一心覆灭郑氏报仇。

受命回到厦门后，施琅废寝忘食，一面造船，一面练兵，只等攻击令下达，即挥师入海。

公元1683年六月，施琅督率水军分四路进军。

施琅亲率五十六只大型战船组成主攻部队，正面强攻郑军主阵地娘妈宫。另由总兵陈蟒率领五十条战船，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵夹击娘妈宫。总兵董义统率另五十条战船组成西线，佯装登陆牵制西面守军。其余八十条战船作为预备队，随主攻部队跟进。

满清水军只用一天时间扫清外围。经过三天充分休整后，只用九个小时攻克澎湖郑军，杀敌一万二，俘虏五千余人，缴获战船一百余艘。而清军仅阵亡不到三百人，负伤一千余人。

一战而定台湾，郑克塽再无战意，率群臣投降。

施琅率舟师抵达台湾受降。他主动到郑成功庙祭祀，高度评价了郑成功收复台湾的举动。祭祀完成后，施琅热泪纵横，表现出了以大局为重的广阔胸襟。

班师回朝后，施琅上疏力主在台湾设府县，屯兵戍守。

康熙帝听取了他的建议，在台湾设一府三县，即台湾府、台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶属于福建省，又分别在台湾和澎湖驻军留守。

此举不仅有利促进了中国的和平统一，也促进了大陆与台湾人民的经济文化交流，促进了台湾经济社会的稳定发展。